@pptdaily · Post #3 · 18.01.2019 г., 02:53
Varscan2 call somatic mutation有个隐藏参数--output-vcf,设为1的话就可以输出vcf,方便使用snpeff进行注释 #snp#somaticmutation#varscan2#vcf
TGINSIGHT SIMILAR POSTS
Изворен канал @pythonotes · Post #183 · 23 ное.
Python + bash Если вам часто требуется запускать shell команды из Python-кода, какой способ вы используете? Самый низкоуровневый это функция os.system(), либо os.popen(). Рекомендованный способ это subprocess.call(). Но это всё еще достаточно неудобно. Советую обратить своё внимание на очень крутую библиотеку sh. Что она умеет? 🔸 удобный синтаксис вызова команд как функций # os import os os.system("tar cvf demo.tar ~/") # subprocess import subprocess subprocess.call(['tar', 'cvf', 'demo.tar', '~/']) # sh import sh sh.tar('cvf', 'demo.tar', "~/") 🔸 простое создание функции-алиаса для длинной команды fn = sh.lsof.bake('-i', '-P', '-n') output = sh.grep(fn(), 'LISTEN') в этом примере также задействован пайпинг 🔸 удобный вызов команд от sudo with sh.contrib.sudo: print(ls("/root")) Такой запрос спросит пароль. Чтобы это работало нужно соответствующим способом настроить юзера. А вот вариант с вводом пароля через код. password = "secret" sudo = sh.sudo.bake("-S", _in=password+"\n") print(sudo.ls("/root")) Это не все фишки. Больше интересных примеров смотрите в документации. Специально для Windows💀 юзеров #libs#linux
Пребарај: #somaticmutation
@pptdaily · Post #3 · 18.01.2019 г., 02:53
Varscan2 call somatic mutation有个隐藏参数--output-vcf,设为1的话就可以输出vcf,方便使用snpeff进行注释 #snp#somaticmutation#varscan2#vcf