@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp
TGINSIGHT SIMILAR POSTS
Изворен канал @pythonotes · Post #183 · 23 ное.
Python + bash Если вам часто требуется запускать shell команды из Python-кода, какой способ вы используете? Самый низкоуровневый это функция os.system(), либо os.popen(). Рекомендованный способ это subprocess.call(). Но это всё еще достаточно неудобно. Советую обратить своё внимание на очень крутую библиотеку sh. Что она умеет? 🔸 удобный синтаксис вызова команд как функций # os import os os.system("tar cvf demo.tar ~/") # subprocess import subprocess subprocess.call(['tar', 'cvf', 'demo.tar', '~/']) # sh import sh sh.tar('cvf', 'demo.tar', "~/") 🔸 простое создание функции-алиаса для длинной команды fn = sh.lsof.bake('-i', '-P', '-n') output = sh.grep(fn(), 'LISTEN') в этом примере также задействован пайпинг 🔸 удобный вызов команд от sudo with sh.contrib.sudo: print(ls("/root")) Такой запрос спросит пароль. Чтобы это работало нужно соответствующим способом настроить юзера. А вот вариант с вводом пароля через код. password = "secret" sudo = sh.sudo.bake("-S", _in=password+"\n") print(sudo.ls("/root")) Это не все фишки. Больше интересных примеров смотрите в документации. Специально для Windows💀 юзеров #libs#linux
Пребарај: #vcftools
@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp