@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp
TGINSIGHT SIMILAR POSTS
Изворен канал @pythonotes · Post #199 · 8 јан.
Многие из тех кто активно работал с Python2 несколько удивлены, почему в Python3 удобная функция reload() переехала из builtin в imp а потом и в importlib? Ну было же удобно! А теперь лишний импорт😖 Дело в том, что начиная с Python3.3 функция reload() переписана на Python вместо Cи. Что это нам даёт? 🔸 Такой код проще поддерживать и развивать 🔸 Python код легче читать, изучать и понимать. Сравните это ➡️ и это ➡️. 🔸 Как результат пункта 2, проще писать свои расширения импорта. Например, пользовательский импортёр с какой-либо хитрой логикой по аналогии с импортом из zip архивов. А есть ли у этого решения недостатки? Да, они всегда есть. 🔹 Так как это не builtin функция, её следует импортнуть перед использованием 🔹 Скорость замедлилась примерно на 5%. Очевидно, что это совершенно не критично. К тому же от версии к версии логика импорта будет оптимизироваться и ускоряться. В самом начале файла importlib/__init__.py мы видим такой импорт: import _imp # Just the builtin component, NOT the full Python module То есть часть функционала по прежнему написана на Си, но достаточно низкоуровневая. #basic
Hashtags
Пребарај: #vcftools
@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp