@pptdaily · Post #3 · 18.01.2019 г., 02:53
Varscan2 call somatic mutation有个隐藏参数--output-vcf,设为1的话就可以输出vcf,方便使用snpeff进行注释 #snp#somaticmutation#varscan2#vcf
TGINSIGHT SIMILAR POSTS
Изворен канал @pythonotes · Post #208 · 29 јан.
Ранее мы уже говорили о том, как выполнить какой-либо код перед открытием интерактивной консоли. Расскажу еще один способ! На самом деле, даже запустив интерпретатор в обычном режиме с выполнением скрипта из файла вы можете в любом месте активировать интерактивный режим. Или даже несколько по очереди. За это отвечает модуль code. Как это может пригодиться? 🔸 Вам не хватает pdb и хочется больше "власти" 🔸 Нужно запросить у юзера данные в достаточно сложном виде. В этом случае можно попросить его создать что ему надо и сохранить в определённую переменную, с которой потом и работать. 🔸 Нужна изолированная среда для выполнения каких-либо действий. 🔸 Просто забавы ради😁 Запускается консоль очень просто import code ic = code.InteractiveConsole() try: ic.interact() except SystemExit: pass Выход обратно на предыдущий уровень происходит как обычно, вызов функции exit() или клавиши Ctrl+D(Ctrl+Z для Windows). Я набросал простой пример с некоторым функционалом 🔹 Меняются символы приглашения 🔹 В неймспейсы добавляются дополнительные объекты 🔹 Считается время, проведённое в интерактивном режиме 🔹 Скрипт просит юзера заполнить переменную и по выходу распечатывает её значение Код здесь ↗️ Для запуска сохраните код в файл и запускайте как обычный скрипт. python my_console.py Для быстрого запуска можно сделать отдельный алиас alias py="python3 /home/username/my_console.py" #tricks#source
Пребарај: #varscan2
@pptdaily · Post #3 · 18.01.2019 г., 02:53
Varscan2 call somatic mutation有个隐藏参数--output-vcf,设为1的话就可以输出vcf,方便使用snpeff进行注释 #snp#somaticmutation#varscan2#vcf