@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp
TGINSIGHT SIMILAR POSTS
Изворен канал @pythonotes · Post #269 · 7 јул.
Возможно, стоит пояснить разницу между синхронизацией из thread/process-safe и синхронизацией с помощью Lock🤔 Наша задача — заставить разные процессы и потоки обращаться к базе данных (или любым другим ресурсам) последовательно. Чтобы не случилось так называемого race condition, то есть состояние гонки. Это когда разные потоки или процессы пытаются одновременно что-то сделать с одним и тем же ресурсом. В этом случае нам нужна какая-то логика ограничения. Пока один процесс не завершил своё действие, другие не могут получить доступ к ресурсу. Так вот, thread-safe и process-safe означает что отдельно взятые операции записи в БД гарантированно будут последовательны. Запросы из разных процессов или потоков выстроятся в очередь и не будут мешать друг другу. Лучше всего когда этот блок реализован на уровне БД в виде атомарных операций или ещё как-то. Но зачем нам тогда еще дополнительный Lock? Этот способ синхронизации используется когда процесс никак не укладывается в одно действие и должен сделать множество операций прежде чем дать доступ следующему. В этом случае процесс ставит некий глобальный Lock на ресурс и никто другой, даже получив законное право на доступ, не может ничего сделать. Все ждут пока этот Lock не будет снят. Это решается на уровне приложения и правильность реализации полностью в вашей ответственности. Например, если забыли разблокировать или сделали перекрёстный Lock (Deadlock как на картинке), то всё зависнет в бесконечном ожидании. #basic
Hashtags
Пребарај: #vcftools
@pptdaily · Post #5 · 18.01.2019 г., 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件,还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令,将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp