Post #122

Расхождения между полногеномным секвенированием и другими методами определения микросателлитной нестабильности Друзья, возвращаемся с недавно опубликованной статьей из сферы прецизионной онкологии. Случалось ли в вашей практике, что опухоли с микросателлитной нестабильностью не отвечали на лечение так, как вам бы этого хотелось? Об одной из причин, почему так может быть, эта статья. Авторы проанализировали данные протокола DRUP – проспективного исследования возможностей таргетной терапии опухолей, мишени которых выявлены при помощи молекулярной диагностики - полногеномного секвенирования в сравнении с другими методами (панели генов, ИГХ, ПЦР и даже NGS). Авторы сконцентрировались на изучении группы пациентов с dMMR/MSI, получивших иммунотерапию (ниволумаб или дурвалумаб). Дизайн самого протокола DRUP позволил отобрать 108 пациентов с доступными данными как WGS (whole-genome sequencing), так и стандартных методов диагностики (ИГХ, ПЦР, NGS). При изучении биопсийного материала выяснилось, что не у всех пациентов с dMMR/MSI по данным стандартных методов исследования обнаружена такая альтерация по результатам полногеномного секвенирования. У 13 пациентов из 121 (11%) обнаружено расхождение. Большинство из этих пациентов (11/13, 85%) не получили никаких преимуществ от терапии ингибиторами контрольных точек. Список пациентов с подробным описанием можно увидеть в таблице в комментариях к посту. Дефицит системы репарации не всегда приводит к формированию молекулярного фенотипа MSI Причины такой дискордантности были разными: ⚫️у трех пациентов диагноз микросателлитной нестабильности был установлен неверно методом ИГХ - из-за неадекватной фиксации или плохой прокраски материала; ⚫️у трех пациентов дискордантность была ложной за счет наличия первично множественного рака, что привело к взятию материала из двух разных опухолей, а не из первичной опухоли и метастаза, как предполагалось; ⚫️у 1 пациента причина дискордантности так и не была выявлена; ⚫️почти у половины пациентов методом WGS не был обнаружен молекулярный фенотип MSI. Разберем подробнее, что это значит. 🤩 При полногеномном секвенировании определение MSI происходит достаточно сложным способом. Программой путем непростых вычислений на основании молекулярного профиля опухоли, включая оценку мутационной нагрузки и альтераций в микросателлитных повторах, рассчитывается MSI-индекс или скор. 🤩MSI-индекс больше 4 означает наличие микросателлитной нестабильности. Итак, из пяти пациентов без молекулярного фенотипа MSI (интересно, что из них 2 пациента при этом получили частичный ответ на ниволумаб), у трех обнаружены генетические нарушения, связанные с синдромом Линча, т.е. dMMR здесь развилось вторично. У остальных дискордантность объяснялась гетерогенностью опухоли. Как же это исследование поможет в реальной клинической практике? Частота расхождения в 5% по данным статьи между рутинными методами и полногеномным секвенированием представляется допустимой, учитывая разницу в цене. Хочется отметить, что все три неверно диагностированных случая микросателлитной нестабильности были получены при ИГХ. В том числе поэтому гайдлайн ESMO предлагает для раков, ассоциированных с синдромом Линча, использовать и ИГХ, и ПЦР. Take-home message Помните, что любой тест может быть ложноположительным📍, и для отдельных клинических ситуаций, которые вызывают вопросы, можно и нужно использовать не один, а два метода тестирования. Целесообразность применения полногеномного секвенирования для поиска одной мишени пока что остается под вопросом.