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ppteng bio日常
@pptdaily · Post #5 · 2019/01/18 08:56
vcftools基于的是使用bgzip压缩过的vcf.gz文件，还需要用tabix进行index。将多个vcf样本进行merge使用vcf-merge命令，将同一样本的不同vcf整合使用vcf-concat #vcf#vcftools#snp
ppteng bio日常
@pptdaily · Post #3 · 2019/01/18 02:53
Varscan2 call somatic mutation有个隐藏参数--output-vcf，设为1的话就可以输出vcf，方便使用snpeff进行注释 #snp#somaticmutation#varscan2#vcf