Evolutionary Genomics | Akbarjon Rozimov

Qadrdon kuzatuvchilar kanalimiz followerlari 500 taga yetsa boshlang’ich darajadan xromosoma-darajasidagi (chromosome-level) genome assembly va annotationni o’rgataman 😅😅😅. Ungacha boshlang’ich va o’rtacha-darajadagi analizlarni ulashib boraman. Let’s share the channel with your friends, and colleagues for a broader community, establish national-level genome study community in reality! https://t.me/EvolutionaryGenomics

Sizda tayyor XXXX.fas fasta fayl bor, fayldagi mavjud sekvenslarni nomini ko'rishini xohlaysiz, albatta Linuxda... Windowsga asoslangan holatda emas. Bunda sizga: grep "^>" XXXX.fas qisqa kommandi yordam beradi. https://t.me/EvolutionaryGenomics

Tur kontsepsiyasi haqida ko’pchilik eshitgan bo’lsa kerak. Va bu atamani mashxur Ernst Mayr nomi bilan esga olamiz. SMBE 2025 konferensiyani oxirgi kuni Professor Axel Meyer, institutimizda alohida prezentatsiya qilib berdi. Alohida takidlab o’tadigan joyi, Professor Axel Meyer, Ernst Mayr ning shogirdlaridan biri ekan. Ikkalasi ham Germaniya olimi. Prof. Meyerning ishlari diqqatga sazovor, uning 40 dan ortiq maqolalari Nature, Science kabi jurnallarda chop etilgan. Google scholarda H-index 132, iqtiboslar soni esa 70 mingga yaqin. Bu professor bilan bir stolda o’tirib kechki ovqat tanovvul qilish, va suhbatlashish insonga yangi g’oyalar, va kuch baxsh etadi. P.S.: Postdocga topshirishga yaxshi variant deb turgandim, men PhD himoya qilgunga qadar pensiyaga chiqar ekan 🙂 https://t.me/EvolutionaryGenomics

SMBE 2025 doirasida bo’lib o’tayotyan konferensiyada Rossiyalik olimlar ham qatnashdi. Meni qiziqtirgan tomoni ular ham genomika bo’yicha katta ish boshlashgani. To’g’ri Xitoy bilan taqqoslay olmaymiz, Xitoy Fish10K (10,000 tur baliq genomi, 1/3 valid baliq turlari) qilgan bo’lsa, Rossiya 1000 Arctic Genomes loyihasini e’lon qilibdi. Loyiha davomida shu vaqtgacha Polar Bear subpopulyatsiyasi genomi T2T (telomere-to-telomere) darajasida sekvens qilingan. Bunday o’sib borayotgan loyihalarni ko’rib Shuni aytamanki, keyingi 5-10 yil ichida mavjud turlarning (umurtqali) ko’pisining genomi to’liq sekvens qilinadi. Bu esa bizga misli ko’rilmagan evolutsion, tibbiy, agroekonomik natijalarga yo’l ochadi. Biolog talabalarga kelajakdan umid borligini shu joyida takidlab o’taman, Biologiya yo’nalishida o’qib faqat o’qituvchi bo’lib qolmaysiz…) P.S.: O’zbekistonda ham hech yo’q “Vertebrate 100” genom loyihasini amalga oshirishni maqsad qildim!!! #SMBE2025 #Genomics https://t.me/EvolutionaryGenomics

Yuqorida o’pka bilan nafas oluvchi baliqlar genomini o’rganish orqali water-to-land tranzitsiyasini o’rganish mumkinligini aytib o’tdim. Osyotrsimon baliqlar ham shunday modellardan biri. Ularning genomini tadqiq qilish orqali poliploidiya mexanizmlarini tushuntirish, va stagnant evolutsiyani o’rganish mumkin. Shu joyida aytish kerakki, osyotrsimon baliqlar mutatsiya tezligi (mutation rate) eng past organizmlar hisoblanadi. P.S.: Kanalni kuzatishda davom eting, genomika, bioinformatika sohalari bo’yicha amaliy va nazariy bilimlarni ulashib boraman. https://t.me/EvolutionaryGenomics

Bilasizmi, eng katta genom hajmi lungfish (o’pka bilan nafas oluvchi baliqlar)da, tasavvur qiling 90 Gb 🤯🤯🤯, inson genomi bilan taqqoslaganda deyarli 30 barobar katta. Ushbu katta hajmdagi genom Lepidosiren paradoxa turida, va avlodga mansub boshqa turlarda ham katta hajmdagi genom kuzatiladi. Bu baliqlarni o’rganish orqali umurtqali hayvanlarni suvdan quruqlikka tranzitsiyasi batafsil tushuntirilgan. Tadqiqot ishlari Nature jurnalida chop etilgan (https://doi.org/10.1038/s41586-024-07830-1). Aytgancha, bu loyiha korrespond muallifi Dr. Axel Meyer. Bugun SMBE 2025 meetingda prezentatsiya qildi. https://t.me/EvolutionaryGenomics

The is the first study who has assembled, annotated and explored the octoploid animal genome (8n). And it is fish 😎, Chinese sturgeon Acipenser sinensis. https://t.me/EvolutionaryGenomics

No regrets to study genomics, especially in China, at the Chinese Academy of Sciences. Many, many opportunities, and all the doors open to discover new insights of life, its molecular composition and evolution. https://t.me/EvolutionaryGenomics

Let me share with you guys, thousand of researchers gathered together for molecular biology and evolutionary studies. This highlights the increasing interest in genome-level studies. 20 July 2025 Annual Meeting of the Society for Molecular Biology & Evolution 2025 Beijing Conference Center, Beijing, China https://t.me/EvolutionaryGenomics

Yaponiya olimlaridan navbatdagi shedevr! Yaponiya olimlari CRISPR genom editing texnologiyasini qo’llagan holda Daun sindromiga sabab bo’luvchi 21-trisomik xromosomani genomdan olib tashlash (remove) ga muvaffaq bo’lishdi. Bu hali Daun sindromiga davo bo’lmasada, kelajakda ushbu kasallikni davolashga qo’yilgan katta qadamdir! https://t.me/EvolutionaryGenomics

Dam ish, dam sport. Uzoq muddat davom etadigan ilmiy ish zanjirida sport doimiy bo’lishi, stressni kamaytirishda juda ro’l o’ynaydi. https://t.me/EvolutionaryGenomics