Evolutionary Genomics | Akbarjon Rozimov

SNP (snip) - yagona nukleotid polimorfizmi yoki bir nukleotid poliformizmi, individual organizm genomida uchraydigan genetik variatsiya bo’lib, DNK ketma-ketligidagi bitta nukleotidning (A, T, C yoki G) boshqa nukleotidga almashinishi natijasida hosil bo’ladi. Masalan, quyidagi 3 ta odamning DNK si to’rtinchi nukleotidining polimorfizmi (A, G, T) SNP ga misol bo’ladi. SNP lar odatda populyatsiyalar orasidagi genetik xilma-xillikni o’rganishda qo’llaniladi. Shuningdek organizmlarning tur yoki individ darajasidagi fenotipik jihatdan farqlarini genom asosida qiyoslanishida, bundan tashqari lokal adaptiv moslanishlarni o’rganishda qo’llaniladi. Tibbiyotda, irsiy kasalliklarni o’rganishda ham SNP asosiy o’rinni tutadi. https://t.me/EvolutionaryGenomics

Suggested book for intermediate level students. Bash scripting Genomic analyses https://t.me/EvolutionaryGenomics

This is how ChatGPT defines man who works on polyploid genome 🧬 https://t.me/EvolutionaryGenomics

Base editing - gen tahirlashning yangi uslubi bo’lib, CRISPR tipdagi tahrirlashdan faqat DNK ning bir zanjiridagi mutatsiyaga uchragan nukleotidni tahrirlashi bilan farq qiladi. CRISPR Cas9 metodining kamchilik tomoni shundaki, qo’sh zanjirdagi asoslarni ikkala zanjirda kesishidir. Ko’pchilik hollarda qo’sh zanjirning bitta zanjiridagi aniq bir lokusdagi nukleotid tahrirlanishi kerak bo’ladi. Shunday holatda yangi base editing metodi o’zining DNK ning bitta zanjiridagi aniq nukleotidni tahrirlay olishi bilan qo’l keladi. Gen tahrirlashning yangi metodi kelajakda irsiy kasalliklarni davolashda istiqbolli metodlardan biri bo’lib xizmat qiladi. Shu o’rinda metod asoschisi MIT professori Dr. David Liu ni e’tirof o’tish lozim. P.S.: yaqin kelajakda Nobel mukofoti sovrindori bo’lishi ham ajab emas. https://www.nature.com/articles/nature24644 https://t.me/EvolutionaryGenomics

https://freshwaterfish.org/fish-of-the-month-january-2025/

Are you passionate about the nature and endemic Pseudoscaphirhynchus Shovelnose Sturgeon, if so, enjoy to watch our field trips in Uzbekistan. https://youtu.be/UoMGQAV5wOw?si=wj_FUznqowfxBvFy

XShell-8 #LinuxServer#Connection

eDNA (atrof-muhit DNK) analizi. eDNA metodi orqali daryo va tabiiy suv havzalarining to’liq turlar tarkibi, yoki aynan maxsus turning uchrash yoki uchramasligini aniqlash mumkin. Bunda 500-1,000 ml suv filtrlab olinib filtratda qolgan DNK massasi spetsifik yoki universal praymer dizayn qilinib, DNK ampifikatsiya qilinadi. Sekvens (lar) tayyor bo’lgach ma’lumotlar bazasidan (NCBI) BLAST funktsiyasi orqali tekshirib ko’rishimiz mumkin. P.S.: Rasmda qaysi turni aniqlash uchun eDNA metodiis qo’llangan deb o’ylaysiz? Ma’lumot uchun jarayon Sirdaryo havzasida olib borildi. https://t.me/EvolutionaryGenomics

Gen - irsiyatning moddiy birligi. DNK uchastkasining ma’lum sondagi nukleotidlar ketma-ketligidan iborat qismidir. Masalan, mtDNK cyt b geni 1,141 bp dan iborat. Gen atamasi ko’pincha oqsil kodlaydigan DNK uchastakasiga ishlatilib, DNK ning oqsil kodlamayadigan qismlari non-koding hisoblanadi. Eukariot organizmlarning genlari ekzon va intron qismlardan iborat. Gen nomini yozishda (cyt b) kursiv formatdan foydalanamiz. Photo: genome.gov/genetics-glossary https://t.me/EvolutionaryGenomics

Arlequin v3.5 - population genetics analyses

Nukleotid almashishi - oqsil kodlovchi ekzonlarda sodira bo’ladigan jarayon hisoblanadi. Nukleotidning sinonim almashishi (Ks) triplet kodlovchi aminokislotani o’zgarishiga olib kelmaydi. Bunday holatda oqsil tarkibidagi aminokislota tartibi o’zgarishsiz qoladi (A). Nukleotid almashishining ikkinchi turi nonsinonim (Ka) hisoblanib, bunda tripletdagi nukleotidning almashinishi unga mos korrespond aminokislotani o’zgarishiga olib keladi (B). https://t.me/EvolutionaryGenomics

https://www.nature.com/articles/d41586-024-03643-4