Evolutionary Genomics | Akbarjon Rozimov

Bitta umumiy ajdoddan kelib chiqqan ikkita alohida tur bir xil tashqi omillar ta’sirida rivojlanishi natijasida ularda o’xshash belgilar paydo bo’ladi, bu turdagi evolutsiya parallel evolutsiya hisoblanadi. Misol tariqasida, mamont va filni olishimiz mumkin, ikkalasi ham alohida avlodga mansub, ammo ajdodi bir. O’xshash belgilarni skelet, gavda tuzilishi va bir qancha belgilarda kuzatishimiz mumkin. https://t.me/EvolutionaryGenomics_AR

K-mer kam sondagi nukleotidlar ketma-ketligi hisoblanib, bioinformatik tahlillarda genom o’lchami (genom size), uning geterogenligini aniqlashda asosiy usullardan biri hisoblanadi. Masalan, ATGCTAAAG DNK bo’lagining 2-mer lari quyidagicha bo’ladi: AT, TG, GC, CT, TA, AA, AA, AG. Odatda genom o’lchamini hisoblashda 17-21-mer norma hisoblanadi. Genom o’lchamini hisoblashda Illumina short-reads sekvenslarni JellyFish dasturida amalga oshirsa bo’ladi. https://t.me/EvolutionaryGenomics_AR

Ortolog va paralog genlar ikkalasi ham gomolog hisoblanib bitta umumiy ajdoddan irsiylangan. Gomolog genlar bitta umumiy ajdodning ikkita populyatsiyasi evolutsiya jarayonida ikkita turga divergensiyalanishi natijasida ortologlarni hosil qiladi. Agar umumiy ajdodda gomolog genlar duplikatsiyasi sodir bo’lsa paralog genlar kelib chiqadi. Ular mutatsiga uchrab yangi funktsiyalar hosil qilishga moyildir. https://t.me/EvolutionaryGenomics_AR

Deaminatsiya - keng uchrovchi kimyoviy DNK degradatsiyalaridan biridir. DNK ning terminal 3’ uchi tashqi muhit omillari, masalan: oksidativ stress, harorat o’zgarishi, yoki radiatsiya ta’sirida vaqt o’tishi bilan terminal qismdagi protektiv oqsillarning gidrolizidan keyin boshlanadigan jarayon. Bunda uzoq vaqt nostabil muhitda saqlangan to’qimalarda DNK ning terminal qismidagi protektiv oqsillar gidrolizlanadi, keyinchalik esa terminal qismidagi C (sitozin) nukleotidlari amino guruhlarni yo’qotib deaminatsiyaga uchraydi. Natijada C nukleotidi U (uratsil) ga aylanadi, va sekvens jarayonida bu T (timin) nukleotidi bo’lib o’qiladi. Deaminatsiya natijasida C ni T ga aylanishi bundan keyingi bioinformatik analizlarda bir qancha tushunmovchiliklarga masalan, nukleotid asoslari taqsimi (nucleotide skewness), allel takrorlanishi hisobi (allele frequency calculations), nuqtali mutatsiya (SNP) analizining noto’g’ri interpretatsiyaga sabab bo’lishi mumkin. https://t.me/EvolutionaryGenomics_AR

Turlar evolutsiyasi jarayonida iqlim omillari bilvosita turning effektiv populyatsiya o’lchami (Ne) va zichligiga ta’sir qilib boradi. Quyida, Schizopygopsis younghusbandi balig’ining effektiv populyatsiya o’chamini (Ne) vaqt o’tishi bilan o’zgarib borishini ko’rish mumkin. E’tibor bersangiz, Pleystotsen epoxasining boshlanish davrida (~2.0-1.0 Mya) populyatsiya sezilarli darajada qisqarishni boshlagan (qizil, yashil va ko’k chiziqlar). Bunga sabab, ushbu davrda yer sayyorasida kuchli sovuq iqlim hukmronik surgan. Ikkinchi populyatsiya qisqarishi taxminan 150 ming yil avvaldan 15 ming yilgacha davom uzoq va dramatik davom etgan. Ikkinchi populyatsiya qisqarishi rasmdan ko’rish mumkinki, oxirgi interglatsial davrdan boshlangan, va oxirgi muzlik davrida ham davom etgan. Keyingi 10 ming yil davomida esa populyatsiya o’lchami minimum darajaga yetib deyarli o’zgarishsiz bo’lgan. Xulosa sifatida shuki, bu baliq turi evolutsiyada ikkita populyatsiya qisqarishi ro’y bergan. Manba: doi: 10.1111/1749-4877.12910

Schizopygopsis younghusbandi karpsimonlar (Cypriniformes) turkumi karp (Cyprinidae) baliqlar oilasining Schizothoracinae kenja oilasiga kiruvchi tur. Ushbu tur Tibet platosining Yarlung-Tsangpo daryosi va uning irmoqlarida dengiz sathidan 2900-4000 m balandlikda tarqalgan, dramatik harorat o’zgarishi (kunduz-tun), kuchli quyosh radiatsiyasi va muhitning bir qancha salbiy omillariga moslashgan. Tadqiqotchilar baliqning bunday muhit omillariga moslanish mexanizmini o’rganish uchun to’liq genom va transkriptom sekvensga asoslangan holda pozitiv seleksiyaga uchragan gen va genlar oilasini o’rganishdi. Natijalar shuni ko’rsatdiki, KEGG yo’nalishi bo’yicha porfirin metabolizmi va insulin sinteziga javobgar genlar evolutsiya jarayonida kengayib borgan. Porfirin va uning hosilalari (temir protoporfirini) o’z o’rnida gemoglobin, mioglobin, sitoxrom P-450, mitoxondrial sitoxrom va boshqa gemoproteinlar shakllanishida muhim o’rin tutib, organizmda kislorod transportida muhim rol o’ynaydi. Insulin gormoni sintezi ham o’z o’rnida organizmning energiya regulyatsiyasida ishtirok etadi. Yuqorida, aytib o’tilgan jarayonlarni boshqaruvchi genlar S. younghusbandi balig’i evolutsiyasida pozitiv seleksiyaga uchrab, baliqning keskin iqlim omillariga moslashib, turni omon qolishiga sabab bo’lgan. Manba: doi: 10.1111/1749-4877.12910

Channel name was changed to «Evolutionary Genomics | Akbarjon Rozimov»

Channel photo removed

#Construction of haplotype network

https://www.phylopic.org/

Sequence extraction, alignment, concatenation and etc. #PhyloSuite_v1.2.3 for Windows