Потом придумаю

https://youtu.be/XYpG5SRzQag

Сегодня волею судьбы попал на invited talk последнего автора этой статьи. Занимательно, что в 2024 слушал её же от первого автора на конференции в Ванкувере. Суть работы: самцы гуппи отличаются огромной вариативностью окраски, которая влияет на привлекательность для самок (частотно-зависимый половой отбор). Исследователи три поколения вели искусственный отбор на долю оранжевого пигмента и получили линии, где его стало примерно вдвое больше. Чтобы разобраться в генетике паттернов окраса, всех рыб сфотографировали и прогнали через несколько свёрточных сетей, которые вычленяли локальные паттерны окраса и эмбеддили в многомерный patternspace. В результате оказалось, что наследуемость окраски высокая, но сильно зависит от локализации на теле: где-то объясняется аутосомами, где-то X, местами Y. Интересным показался GWAS отдельных паттернов/локализаций, который обнаружил сигналы на аутосомах даже для признаков с Y-сцепленным наследованием. При детальном рассмотрении выяснилось, что риды с недавних дупликации на Y хромосоме ложились на исходные аутосомные участки этих дуплкаций. Последние месяцы я много работаю с k-мерами и вижу для них "гвозди" повсюду. Кажется очевидным, что такие структурные варианты проще ловить сразу с помощью k-mer GWAS, потому что Y-гаплотипы у гуппи сильно различаются между популяциями, из-за чего использование референса нецелесообразно. У людей психиатрические заболевания и всякие нарушения развития цнс часто ассоциированы со структурно сложными регионами вроде сегментных дуплцикаций или экспансий повторов, где снип-подходы работают с переменным успехом, поэтому напрашивается мысль, что k-mer GWAS мог бы обнаружить такие структурные различия эффективнее.

Что дозволено Юпитеру, не дозволено быку

Так уж психология человеческая устроена, что проще внимание захватить лозунгами «а, тупой T9 на стероидах, не может сравнить 0.9 и 0.11, тупик, плато, Вьжепа нас спасет» или «бомбим дата центры, оно завтра нас поработит» (AI2027). При этом истина, на мой взгляд, где-то посередине

https://youtu.be/Sc27-dmJ_4w

well well well

Алгоритмы что-то обо мне знают такое, что не знаю я

Весеннее обострение

https://youtu.be/2OBhqO0WO8I

У меня тут было несколько разговоров о деревьях ("какое ты дерево?" на свиданках), и канадцы несколько раз упоминали вяз с каким-то благоговением: мол, благородная и редкая порода, из древесины которой к тому же получается красивая мебель. Я поначалу решил, что чего-то недопонимаю, потому что вяз, ака карагач, в Алмате растёт на каждом углу и воспринимается мною как малоценный сорняк. Мы раньше всей семейной артелью безжалостно валили и перерабатывали на дрова для бани те карачи, что имели наглость перекрыть бабушкиным грядкам свет. Помню, что мне не нравилось колоть чурки напитанного влагой карагача: лезвие колуна глухо впивалось в древесину, оставляя вмятину вместо раскола. Рубить и пилить клен и урюк мне нравилось больше. Загуглить, в чём же сакральная разница между нашим сорным безродным карагачом и их раритетным благородным вязом, мне было лень, пока я не попал в Монреальский ботанический сад. В секции дендрария, посвященной вязам, на табличке я вычитал, что после Первой мировой вязы начали активно вымирать из-за грибкового заболевания сначала по всей Европе, а потом и в Северной Америке. К 1970 году 98.5% вязов в Квебеке погибли, Торонто потерял около 80% деревьев, а единственными провинциями, почти не затронутыми эпифитотией, стали Альберта и Саскачеван. Из интересного я нагуглил, что патоген заставляет пораженное дерево выделять в большем количестве летучие вещества, которые привлекают жуков-короедов, благодаря которым грибок распространется на другие деревья. Восточные виды, вроде карагача, устойчивы, поэтому их пытались скрестить с местными новосветными, чтобы вывести резистентные гибриды. Считается, что причина устойчивости в том, что гриб изначально возник в Юго-Восточной Азии, и здешние растения успели к нему адаптироваться. В некоторых штатах карагач высаживали заместо погибших деревьев, и теперь в части из них он считается инвазивным видом. И ещё одна интересность: до широкого распространения металлических труб городское водоснабжение в Англии обеспечивали полые стволы вяза