Прецизионная онкология

📚Хорошо ведь, когда важная и полезная информация собрана в одном месте? Мы в команде R&D ОнкоАтлас уверены, что да, поэтому провели большую работу по анализу 250 научных публикаций о микросателлитной нестабильности (MSI) - неоднозначном феномене, с которым связана оценка рисков, назначение иммунотерапии, определение чувствительности к химиотерапии. Мы начали с описания природы микросателлитной нестабильности, разобрали синдром Линча и связанные с ним онкологические риски, провели анализ встречаемости MSI в разных видах рака в сочетании с распространенными биомаркерами. Уделили внимание роли MSI в химиотерапии, конструктивно описали результаты международных клинических исследований ингибиторов контрольных точек иммунного ответа в отношении терапии пациентов с MSI опухолями. В одной статье мы собрали все, что может пригодится практикующему врачу когда речь заходит о микросателлитной нестабильности.📝 ✔️Результаты анализа резюмированы в обзорной статье, опубликованной в журнале Cancers издательства MDPI.

Розыгрыш проведен! Проверяйте свои почты, ищите присланный номер! Наш победитель - #20! Поздравляем 🎉

5 минут и проведем розыгрыш!

Друзья, сегодня наша команда в прекрасной Уфе, на школе по биоинформатике в рамках IV Научно-практической конференции, приуроченной к празднованию 5-летия РМГЦ. В конце сессии мы в режиме онлайн проведем розыгрыш нашей фирменной толстовки. Запись будет выложена здесь.

🎉 10 апреля мы получилиРУ на тест-систему Соло-тест АВС плюс! Новый набор - это модифицированная версия Соло-теста АВС с расширенным набором маркеров. Состав был обновлен в соответствии с клинрекомендациями МЗ РФ для пациентов с диагнозами рак поджелудочной и молочной желез. Теперь в панель, помимо генов BRCA1, BRCA2, ATM и CHEK2, входят гены PALB2 и PIK3CA, что расширяет терапевтические возможности врачей-онкологов при выборе схемы лечения. Благодаря новым маркерам, пациентки с диагнозом гормон-позитивный РМЖ могут быть одномоментно обследованы на патогенные варианты в генах BRCA1, BRCA2 и PIK3CA. Соло-тест АВС плюс - это первая в России зарегистрированная тест-система на основе NGS, выявляющая онкогенные варианты PIK3CA. Внедрение мультигенного NGS-анализа, по сравнению с ПЦР, способно ускорить обследование пациентов с люминальным B подтипом РМЖ и позволит рациональнее расходовать средства Программы госгарантий на МГИ. Регистрационный номер медизделия РЗН 2023/20034

📢 14 апреля ОнкоАтлас совместно с Российским обществом клинической онкологии (RUSSCO) организуют первую Школу по биоинформатике в Республиканском медико-генетическом центре Уфы! 🧬💻 Главная цель школы - обучение основам обработки "сырых" данных, получаемых в результате NGS-анализа. В программе также нюансы «мокрой части» - технологии секвенирования, биоинформатический анализ, интерпретация данных и многое другое. В мероприятии примут участие эксперты ОнкоАтласа, а также Машков Олег Игоревич, к.б.н. и заведующий Молекулярно-генетической лабораторией РМГЦ Уфы. Лаборатория под руководством Олега Игоревича с 2021 года работает в программе RUSSCO и ОнкоАтлас и накопила большой опыт NGS-анализа, выполняя исследования генов BRCA1/2 по ОМС. Зарегистрироваться на мероприятие и ознакомиться с программой можно по ссылке.👨‍🎓👩‍🎓

На РОК-2022 прошла целая сессия, посвященная работе первого российского молекулярного консилиума. Мы уже рассказывали об интересных кейсах, которые были представлены на сессии, но согласитесь - лучше один раз увидеть, чем сто раз услышать! И сегодня у нас хорошие новости для всех, кто пропустил РОК - официальное видео от организаторов конгресса доступно на сайте! Enjoy!

Набираем пациентов из Москвы и МО в наблюдательное исследование. NGS-анализ опухоли с подробным заключением получит каждый участник бесплатно. Можно ли определить статус микросателлитной нестабильности по жидкостной биопсии? И можно ли по анализу жидкостной биопсии сказать, будет ответ на иммунотерапию или нет? Для того, чтобы ответить на оба вопроса мы запустили наблюдательное исследование, в котором приглашаем принять участие ваших пациентов. Критерии включения: ✅ Подтвержденный диагноз; ✅Наличие статуса микросателлитной нестабильности, определенного в опухолевом материале методом ИГХ, ПЦР с фрагментным анализом или NGS; ✅ Пациент еще не получает иммунотерапию; ✅ Пациент начнет получать иммунотерапию в течение ближайших двух недель. В рамках исследования, помимо определения MSI-статуса с помощью NGS, будет дополнительно проанализировано 38 основных онкогенов. В заключении по результатам исследования будет дана подробная молекулярно-генетическая информация. Пациентам периодически надо будет сдавать кровь и отправлять образец нам, чтобы мы могли оценить динамику изменения молекулярного профиля пациента. Логистику обеспечиваем мы. ☎️ По вопросам включения пациентов в исследование звоните или пишите координаторам: 📲 Максиму Иванову (+7 909 677 52 74) или 📲 Александре Лебедевой (+7 915 417 36 77). Полная инфомация об исследовании в информационном листе

Будущее агностиков. Не наступило. Пока. К началу этого года список "FDA-approved" агностических таргетных терапий насчитывает внушительные 8 позиций под 7 биомаркеров. Агностических потому, что назначаются по биомаркеру, а откуда произошла опухоль нам неважно. К давно известным агностикам - микросателлитной нестабильности (MSI/dMMR), высокой мутационной нагрузке (TMB) и перестройкам NTRK1-3 - в 2022 присоединились BRAF V600E и перестройки RET. Это здорово, но, как всегда, есть нюансы. Ингибиторы контрольных точек иммунного ответа при MSI хорошо себя показали (частота объективных ответов + улучшение выживаемости), а вот TMB является суррогатным биомаркером с кучей оговорок по применению. Эффективность пембролизумаба при высокой TMB отмечалась в лечении редких типов опухолей, при этом в частых нозологиях (НМРЛ, РМЖ) остается масса вопросов. Еще и непонятно как оценивать порог количества мутаций, чтобы считать его высоким. Традиционных 10 Мут/МБ для большинства нозологий откровенно мало. Отдельная проблема - различия в тест-системах и критериях расчета TMB. Впечатляют частоты ответов на терапию TRK-ингибиторами при перестройках NTRK, но они так редки, что одобрение нового, конечно, повод для радости, но едва ли повлияет на лечение большинства пациентов. Недавние одобрения препаратов для BRAF и RET точно займут свою нишу, но и они за рамками НМРЛ, меланомы, КРР, опухолей ЦНС, щитовидной железы и уротелиального рака практически не встречаются. К примеру, при РМЖ нарушения BRAF это скорее казуистика. Перестройки RET (по данным cbioportal, выборки MSK-IMPACT) встречаются лишь у 0.3% пациентов с солидными опухолями, чаще всего при раке легкого и раке щитовидной железы, тогда как для прочих опухолей обнаружение RET почти всегда сюрприз. Вот и получается, что специально гоняться за агностиками большого смысла как будто и нет, но их случайная находка всегда будет поводом порадоваться. Поэтому про них всегда надо помнить. С нетерпением ждем когда отличные новости из США станут частью клинической практики у нас.

FDA одобрило Эласестрант для лечения ER-положительного, HER2-отрицательного, ESR1-мутантного распространенного или метастатического рака молочной железы 27 января 2023 года FDA одобрило Эласестрант (Orserdu, Stemline Therapeutics, Inc.) для женщин в постменопаузе и для мужчин с ER-положительным, HER2-отрицательным, ESR1-мутантным распространенным или метастатическим раком молочной железы, с прогрессированием заболевания после как минимум одной линии эндокринной терапии. Эласестрант является первым одобренным селективным деструктором эстрогеновых рецепторов (SERD) для лечения пациентов с мутациями в гене ESR1. Мутации гена ESR1 выявляются у 20-40% пациенток с метастатическим раком молочной железы, спрогрессировавших после терапии ингибиторами ароматазы. Одобрение основано на данных рандомизированного открытого многоцентрового исследования EMERALD (NCT03778931) с активным контролем (т.е. сравнение с лекарственным средством, которое является эффективным относительно исследуемого показания). В исследовании приняли участие 478 пациентов, из которых у 228 пациентов были мутации в гене ESR1. У пациентов должно было быть зафиксировано прогрессирование заболевания на одной или двух предыдущих линиях эндокринной терапии, включая одну линию, содержащую ингибитор CDK4/6. Пациенты были рандомизированы (1:1) для приема Эласестранта 345 мг перорально один раз в день (n=239) или эндокринной терапии по выбору исследователя (n=239), которая включала фулвестрант (n=166) или ингибитор ароматазы (n=73). Мутационный статус ESR1 определяли по цДНК с использованием анализа Guardant360 CDx и ограничивались миссенс-мутациями ESR1 в лиганд-связывающем домене. У 228 (48%) пациентов с мутациями ESR1 медиана ВБП составила 3,8 месяца (95% ДИ: 2,2, 7,3) в группе Эласестранта и 1,9 месяца (95% ДИ: 1,9, 2,1) в группе фулвестранта или ингибитора ароматазы (p = 0,0005). FDA также одобрило анализ Guardant360 CDx в качестве сопутствующего диагностического устройства для выявления пациентов с раком молочной железы для лечения Эласестрантом.

Новый способ оценить клиническую значимость биомаркера: база знаний crac.oncoatlas.ru В прецизионной онкологии важно правильно формировать ожидания как от генетического тестирования, так и от назначенной по его итогам терапии. Это помогает в коммуникации с пациентом, который обычно сам платит за тест. Сложно начать говорить о дорогом исследовании, если не очень понятно, что от него ждать. Мы давно практикуем подготовку развернутых ответов на вопрос целесообразности генетического теста под каждого пациента и охотно делимся этой информацией с клиницистами. А вот с результатами тестирования все сложнее: для их интерпретации и выбора оптимальной терапевтической стратегии требуется обстоятельный литературный поиск, глубокое понимание молекулярной биологии и биологии опухоли. Сложнее всего принять решение, когда по результатам тестирования в опухоли обнаружено несколько значимых нарушений. Как ранжировать находки и выбрать оптимальную схему терапии? Для решения этих проблем мы создали открытую базу знаний, в которой содержится информация о клинической значимости и перспективности 233 биомаркеров. Перспективность и значимость биомаркеров оценена в отношении 15 нозологий и отражена численными значениями от 1 до 10. Такие значения мы назвали CRAC-значениями. CRAC-значения отражают доступность терапии и перспективности лечения экспериментальными препаратами для пациентов с конкретным типом опухоли. Составляли базу практикующие онкологи-химиотерапевты, а также биологи, занимающиеся интерпретацией результатов молекулярного профилирования. Почему эту базу можно применять на реальных отчетах молекулярного профилирования различных опухолей мы рассказали еще на конференции ESMO MAP 2022. В тестовом режиме базу применили на 208 отчетах, результаты можно посмотреть в нашей статье, где есть также сравнение CRAC с системой уровней доказательности ESCAT. Напишите нам, если хотите принять участие в наших научных проектах и разработках, или если у вас есть интересные кейсы для обсуждения - мы открыты к сотрудничеству.`

Молекулярно-генетическим лабораториям разрабатывают правила работы Минздрав и группа экспертов намерены разработать правила работы лабораторий, проводящих молекулярно-генетические исследования (МГИ) для подбора таргетной терапии. Документ, если его актуальные идеи не изменятся, должен заменить фрагментарные упоминания МГИ в текущем правовом поле, ввести единые нормы оснащения и установить для лабораторий годовую норму выработки в минимум 150 исследований. Vademecum разбирался, зачем понадобился новый регламент и как он изменит алгоритм работы операторов МГИ.